Zwischen den Bewohnern der Erde, den „Naturals“, und den Bewohnern der PLANTs genannten Raumkolonien, den „Coordinators“, tobt ein erbitterter Krieg. Der junge Coordinator Kira Yamato lebt in der neutralen Kolonie Heliopolis, bis diese bei einem Angriff der ZAFT, den Streitkräften der PLANTs, völlig zerstört wird. Ziel des Angriffs war die Eroberung der Prototypen der neuesten Mobile Suits der Erdallianz. Ehe sich Kira versieht, befinden sich er und seine Freunde auf einem Kriegsschiff der Erdallianz und müssen selbst zu den Waffen greifen… Episoden 16 - 20