Die 6. Schnellbootflottille wurde am 1. März 1941 aufgestellt und bei Beginn des Rußlandfeldzuges mit vier Booten und dem Begleitschiff "Tanga" nach Helsingör verlegt um zusammen mit den alten Linienschiffen "Schlesien" und "Schleswig-Holstein" den Großen Belt zu sichern.  Die Flottille wurde in der Nordsee und im englischen Kanal eingesetzt. 

Am 15. Februar 1942 erhielt sie den Befehl, mit acht Booten und dem Begleitschiff Tsingtau nach Norwegen zu verlegen und erreichte Ende April den Einsatzhafen Svolvaer in den Lofoten. Im Juli 1942 tauschten die 6. und die 8. Schnellbootflottille  in Norwegen die Begleitschiffe, die 8. Schnellbootflottille verlegte mit der „Tsingtau“ zurück nach Kiel und wurde aufgelöst, die Boote „S 42“ und „S 45“ kamen zur 4. Schnellbootflottille , „S 46“ zur 2. Schnellbootflottille und „S 44“ zur 6. Schnellbootflottille . 

Die S46 blieb als Begleitschiff der Lüderitz in Norwegen. Die Fotos stammen von einem Besatzungsmitglied der S46 bei Kirkenes Norwegen.

Das Boot nahm am 22/23. Juni 1941 an einem Minenunternehmen vor Takhona teil, gefolgt von einer Minenoperation vor Kap Ristna im Juli des gleichen Jahres sowie im August 1941 am Minenunternehmen gegen den Südeingang des Moonsundes .