Mathias le seul habitant de Fort-Boyard a déclenché une nouvelle catastrophe. Il alerte ses amis Jérôme et Émilie et les entraîne dans un souterrain qui vient de s'effondrer en révélant la présence d'un fabuleux bateau pirate ! Les jumeaux explorent le vaisseau une frégate armée tout droit surgie du passé. Puis ils reviennent sur les lieux avec leur cousine Capucine. Mais celle-ci est enlevée par un véritable pirate écumeur des mers Jean Lafitte tandis que des intrus investissent le Fort...