Molte caratteristiche di Squadron Leader sono innovative rispetto ai suoi predecessori. Tra queste c'è l'inserimento di un sistema per impartire ordini ai tre velivoli gregari della squadriglia del giocatore, controllati dall'IA, ma comandabili tramite un sistema gestionale semplice e ben definito.

Dopo una violenta battaglia aerea sopra l'oceano Ceres, dove la maggior parte dei piloti esperti viene uccisa, il capitano Jack Bartlett, capo del 108^ TFS, comunica ai giovani piloti freschi dell'addestramento che dal giorno seguente verranno tutti addestrati al combattimento aereo e comunica al sottotenente Kei Nagase (unico pilota sopravvissuta alla battaglia della mattina e oltretutto unica donna) che lei volerà come N^2 dello squadrone Wardog. Il giorno dopo lo squadrone viene inviato a Cape Landers, a West Osea, per intercettare un aereo spia nemico, da questo punto in poi il giocatore impersonerà Wardog 4 "Blaze", la recluta preferita del capitano Bartlett e unico con delle capacità paragonabili ai migliori assi della guerra precedente. Il velivolo viene intercettato, nonostante l'apparizione di 8 caccia di origine sconosciuta. Il comando centrale inizia a insabbiare tutto per evitare scandali ma ormai il punto di non ritorno è stato raggiunto: il capitano Bartlett viene abbattuto mentre sta cercando con il suo squadrone una nave non autorizzata a operare nelle acque Oseane. Wardog torna a Sand Island su ordine dell'AWACS Thunderhead, dove, dopo un veloce rifornimento e riarmo decolla verso la nuova destinazione per intercettare un attacco nemico. Il maggiore Hamilton comunica contemporaneamente al giornalista Genette che gli aggressori sono gli Yuktobaniani, che stanno proprio ora attaccando Port St. Hewlett.

Verso St. Hewlett, Thunderhead comunica che Nagase (Edge) sarà il capo della formazione. Lei rifiuta e passa il comando a Blaze, ritenendolo più adatto a quel ruolo, mentre il sottotenente Davenport (Chopper) rimarrà Wardog 3. Arrivati al porto, lo trovano infiammato dalla battaglia tra la 3ª Flotta Oseana e dei caccia di Yuktobania. Nel caos della battaglia, Thunderhead ordina alla squadriglia di coprire la portaerei classe Nimitz Kestrel, mentre escono dal porto e scortarle in acque sicure, compito che viene svolto brillantemente dai 3 piloti, che fanno rotta verso Sand Island dopo la battaglia. Nella notte, la base subisce un tentativo di bombardamento da parte degli Yuktobaniani, e il 108^TFS è l'unica linea di difesa disponibile al momento. Durante il caos della battaglia l'aviere Hans Grimm (Archer), decolla e aiuta la squadriglia Wardog, diventandone il numero 4 alla fine della lotta. Dopo la battaglia, Genette interroga Nagase riguardo al libro dal titolo "A blue dove for the princess", a cui lei sta riscrivendo le pagine mancanti, per sentirsi rispondere che quello era il suo libro preferito. (Il libro ritornerà spesso durante il gioco, come prima delle missioni 13, 15 e l'epilogo). Qualche giorno dopo HIGHCOM richiede lo squadrone Wardog in un'operazione che consiste nello scortare 3 portaerei (Tra cui la Kestrel) dall'oceano Ceres al mare interno oseano. L'operazione procede senza intoppi ma quando le navi passano attraverso lo stretto di Eaglin vengono attaccate da caccia della marina Yuktobaniana che, grazie al tempestivo intervento dello squadrone Wardog, non riescono a infliggere nessun danno serio. Quando sembra tutto finito, 2 missili balistici sottomarini attaccano il gruppo da battaglia, affondando le portaerei Buzzard e Vulture. Wardog, a corto di carburante, viene mandato alla base aerea di Heirlark, vicino a North Osea, dove i 4 piloti apprendono che il giornalista Genette aveva scritto un pezzo su di loro, facendogli guadagnare fama all'interno delle forze armate Oseane, in quanto loro sono quelli con più esperienza di combattimento contro il nemico.

Di fronte a questa enorme perdita, il presidente della federazione di Osea, Vincent Harling, approva l'uso dell'Arkbird per riguadagnare la superiorità sul nemico, facendo uso dei cannoni laser studiati appositamente per il velivolo e immagazzinati al centro spaziale Bassett. Per evitare un cambiamento delle sorti della guerra, gli Yuktobaniani lanciano truppe Spetsnaz nel centro per impedire il lancio dei cannoni, coprendole con caccia e missili cruise, ma, per fortuna, il 108^ TFS protegge il centro abbastanza a lungo per consentire il lancio delle armi. Dopo aver difeso Sand Island per la seconda volta da un'invasione su larga scala, Osea riguadagna un vantaggio, distruggendo il sottomarino Shinfaxi, eliminando così la minaccia dei missili balistici.