Versé dans l'armée de Bazaine au début de la guerre franco-allemande de 1870, il put s'échapper lors de la capitulation de Metz et alla offrir ses services au gouvernement de la Défense nationale, qui l'envoya dans le Nord avec la charge de gouverneur militaire de Lille. Il forma comme il le put un nouvel embryon d'armée, et s'affaira tant et si bien que lorsque le général Bourbaki prit, quelques jours après, le commandement de ce que l'on appelait l'« armée du Nord », il trouva prêts quatorze bataillons et six batteries.

Le 31 octobre, Farre fut promu général de brigade ; avec la mutation de Bourbaki à l’armée de l'Est le 10 novembre, Farre se voit confier l'intérim du commandement en chef de l'armée, forte de 25 000 hommes. Malgré les effectifs bien supérieurs de l’armée de Manteuffel (45 000 hommes, d'ailleurs aguerris) qui remontait vers Amiens, le général Farre n'hésita pas à lui barrer la route. La bataille de Villers-Bretonneux qui s'ensuivit, le 27 novembre 1870, fut une défaite qui entraîna le repli de l'armée française vers le nord et la chute rapide d'Amiens qui fut occupée par les Prussiens.

Quand, le 3 décembre, le général Faidherbe prit possession de son commandement, le général Farre fut, en récompense de ses services, maintenu en activité « sans limite d'âge » par décret.