Les conditions de vie et le service à bord sont difficiles, mais le jeune Castagnier parvient facilement à s’adapter. Intégrant la flotte de guerre, il devient novice à 13ans, matelot à 17. Par ses qualités de marin et son aptitude au commandement, il gravit ensuite rapidement tous les échelons de la marine du Roi puis de la France Révolutionnaire. Jusqu'à devenir capitaine de vaisseau et meme pendant un temps avec le grade de contre-amiral,
Commandant du 36 canons Le Comte de Maurepas à seulement 24
ans, il s'illustre lors de la guerre d'Indépendance des USA (1775-1783),
période durant laquelle il est considéré comme l’un des plus brillants
capitaines corsaires français. En 1793, il est remarqué par le jeune
général Lazare Hoche, commandant de la place de Dunkerque, qui le nomme
chef de pavillon, chargé de la défense côtière lors du siège mené par la
puissante marine anglaise. Les états de service de Jean-Joseph
Castagnier font également état de fonctions de commandant en second de
la frégate corsaire Le Rohan Soubise (dont il prit ensuite le commandement), de commandant de La belle Angélique et du navire armé La Poursuivante. C’est à bord de la corvette La République, de 26 canons, qu’il dirigea la manœuvre de débarquement au pays de Galles.