La trama transcurre hacia finales de 2004, donde el jugador adopta el rol de Sam Fisher, un exagente vuelto a reclutar por la Agencia Nacional de Seguridad estadounidense, para trabajar en una subdivisión denominada "Third Echelon". Entonces, Fisher no había "estado en el campo durante años". Fisher debe investigar la misteriosa desaparición de varios oficiales de inteligencia de la CIA en territorio de Georgia, pero pronto se convierte en una misión más complicada.