Le jeu commence alors que Brian et Gina profitent de vacances bien méritées sous le soleil hawaïen. Le couple décide de visiter les chutes ì Tiki. Malheureusement, leur avion s'écrase dans la jungle et les deux héros miraculeusement indemnes sont séparés après le crash. Commence alors une folle aventure qui conduira Brian et Gina aux quatre coins du globe où ils rencontreront des soldats, des pirates, des espions, des surfeurs et même des extraterrestres !
Avec Runaway, The Dream of the Turtle DS, le joueur vivra les mêmes émotions que s'il vivait une aventure incroyable au sein d'une comédie animée. Les joueurs se déplaceront et interagiront avec un cadre dynamique et détaillé, de la jungle tropicale à la toundra arctique.