Au moment de son émergence dans l'histoire, Lille appartient au comté de Flandre, alors une des régions les plus prospères d'Europe. Lille intègre un réseau de villes dont certaines sont héritées de l’urbanisme antique (Boulogne, Arras, Cambrai) tandis que d'autres sont de développement plus tardif, à l'époque carolingienne (Valenciennes, Saint-Omer, Gand, Bruges, Anvers, Douai). L’essor ou le renouveau urbain repose alors sur la fabrication, la diffusion de draps de laine et sur le commerce.

Dès le XIIe siècle, la renommée de la foire aux draps de Lille s'accroît. En 1144 apparaît dans les sources la « paroisse Saint-Sauveur » qui donna son nom au quartier « Saint-Sauveur »10.

En 1213, la ville subit des sièges et une mise à sac par Philippe Auguste pour punir les lillois de leur trahison en faveur du Comte de Flandre Ferrand 11.

Les comtes de Flandre, de Boulogne et du Hainaut, l'Angleterre et le Saint Empire Germanique s'unissent pour faire la guerre à la France et à son roi Philippe Auguste. Lors de cette guerre, le roi de France Philippe Auguste bat le comte de Flandre et l'Empereur germanique Othon IV, elle s'achève par la victoire française de Bouvines en 1214. Le comte Ferrand de Portugal est emprisonné et le comté tombe en « quenouille » : c'est son épouse, Jeanne, comtesse de Flandre et de Constantinople qui gouverne la ville. La comtesse était, dit-on, fort aimée des Lillois. .

En 1224, l'ermite Bertrand de Rains, sans doute poussé par des seigneurs locaux, essaye de se faire passer pour Baudoin Ier de Constantinople, père de Jeanne de Flandre disparu à la bataille d'Andrinople. Il pousse les comtés de Flandre et du Hainaut à la sédition contre Jeanne pour recouvrer ses terres. Elle en appelle à son cousin le roi Louis VIII le Lion. Celui-ci démasque l'imposteur qui est ensuite pendu par la comtesse Jeanne. Le roi consent en 1226 à libérer Ferrand de Portugal, qui meurt en 1233, ainsi que sa fille, Marie, peu après. En 1235, Jeanne octroie une charte à la ville de Lille par laquelle les mayeurs et les échevins sont choisis à chaque Toussaint par quatre commissaires désignés par le souverain. Le 6 février 1236 elle fonde, dans l'enceinte de son palais lillois, l'hôpital Comtesse, qui demeure l'un des plus beaux bâtiments du Vieux-Lille. C'est en son honneur que la maternité du centre hospitalier régional universitaire de Lille fut baptisée hôpital Jeanne-de-Flandre au XXe siècle.

À la mort de la comtesse, sans descendance, en 1244 en l'Abbaye du repos de Notre-Dame de Mar