Fils d'une riche famille marchande, en Ombrie, François est né à Assise entre le mois de mai et septembre2 1181 ou 11823. Il est l'aîné des sept enfants de Pietro Bernardone dei Moriconi, très riche drapier d'Assise, et de Dona Joanna Pica de Bourlémont, femme pieuse issue de la noblesse provençale (la Provence est de culture occitane bien que relevant du Saint-Empire romain germanique jusqu'en 1481) et que Pietro a épousée en secondes noces en 1180 après un veuvage4. Son père n'est pas producteur de drap, mais revendeur, dans son échoppe ainsi que sur les marchés et les foires, allant chercher ses étoffes dans les zones de production ou d'échange. Sa richesse est constituée d'argent en numéraire placé ou prêté à intérêt, et des revenus de terres situées dans le contado et surtout de maisons dans la ville même5.

À sa naissance, alors que son père est en France pour négocier draps et étoffes dans les foires de Provence et de Champagne, sa mère le fait baptiser sous le nom de Giovanni (Jean en l'honneur de l'apôtre homonyme) dans la cathédrale d'Assise consacrée à Rufin, saint patron de la ville. De retour de son voyage en France où il a fait de très bonnes affaires et en hommage à ce pays, son père, lui donne le nom de Francesco (François = français), qu’il gardera et par lequel il sera mondialement connu6,7.
Jeunesse

Dans les années 1190, il suit des cours dans l'école de chanoines de l'église San Giorgio à Assise où il apprend le latin. Destiné à seconder son père et probablement à lui succéder, il quitte l'école à 14 ans et entre dans la corporation des marchands8.

Francesco vit alors une jeunesse dissipée marquée par les aspirations de son époque. Il commet peut-être à cette époque le péché de chair comme le suggère son Testament9. À l'époque des révoltes communales avec leurs bourgeois aspirant à la noblesse, il fait la guerre à la noblesse d'Assise et de Pérouse. La défaite des Assisiates à Ponte San Giovanni, en novembre 1202 sera pour lui suivie d'une année d'emprisonnement. Malade durant sa captivité (probablement un début de tuberculose), il est libéré à prix d’argent grâce à son père et doit, après son retour à Assise, calmer ses ardeurs6. Les maladies, contractées pendant ce séjour en prison, ébranlent sérieusement sa santé qui demeurera ensuite toujours fragile10.

Aimant la geste des troubadours, il n'hésita pas à entonner des chansons provençales, aussi retrouvera-t-on dans les strophes de ses œuvres le travail rythmique de ces poètes et musiciens de langue d'oc11.
Changement de vie
François d'Assise prêchant aux oiseaux (d'après les Fioretti) par Giotto.

Sa conversion, réalisée en plusieurs temps, s'est faite au cours d'une longue maladie qui l'immobilise une grande partie de l'année 120412.

En 1205, alors qu'il rêve toujours d'acquérir le rang de noblesse par de hauts faits d'