Als Erfinder Goro Ibuki mit Sohn Rokuro und Bruder Hiroshi ein Picknick am See macht, werden die drei von einem Seebeben überrascht. Auf der Nachhausefahrt empören sie sich über die Atombombentests, durch die das Beben verursacht wurde.

Durch die Atombombentests wird das Unterwasservolk Seetopia aufgeschreckt. Um die Menschen zur Beendigung der Tests zu veranlassen, bitten sie das Monster Megalon um Hilfe. Zusätzlich stehlen sie Goros neueste Erfindung, den Roboter Jet Jaguar (der im deutschen „King Kong“ genannt wird) und programmieren ihn um. Während Megalon unterwegs ist und auf seinem Weg einen Staudamm zerstört, schafft Goro es, Jet Jaguar per Funk wieder umzuprogrammieren. Dieser macht sich sofort auf den Weg zu Godzilla, damit dieser zu Hilfe komme. Verstärkung bekommen die Seetopianer aus dem Weltraum von Ungeheuer Gigan.

Kurz vor der nun bevorstehenden Auseinandersetzung wächst Jet Jaguar zu Hochhausgröße heran. Aus dem nun folgenden, auf einer Wiese stattfindenden Kampf gehen Godzilla und Jet Jaguar als Sieger hervor. Godzilla kehrt auf die Monsterinsel zurück, Jet Jaguar schrumpft wieder zu seiner normalen Größe zurück und begleitet seinen Erfinder mit dessen Familie nach Hause, dem Reich Seetopia widerfährt der Untergang.