Zola ,dal Napoli, si trasferì nel giugno 1993 al Parma per 13 miliardi di lire. Accusato dai tifosi partenopei di tradimento, Zola rispose di essere stato praticamente costretto alla cessione dalla dirigenza a causa della situazione economica della squadra di Corrado Ferlaino: «Era la società che doveva fare cassa. Tant'è che oltre a me cedettero Thern, Ferrara e Fonseca. Non ho tradito nessuno. Anche se hanno voluto farlo credere».
Con il Parma vinse la Supercoppa UEFA 1993 e la Coppa UEFA 1994-1995, consacrandosi come uno dei giocatori più talentuosi in Italia e trascinando la squadra vicino alla conquista dello scudetto. Le ottime prestazioni gli valsero il 6º posto nella classifica finale del Pallone d'oro 1995.
Dalla stagione 1995-1996 Zola trovò sempre meno spazio in squadra a causa dell'arrivo di Hristo Stoichkov, che occupava la sua stessa posizione in campo, causando un dualismo tattico tra i due. Nel 1996 arrivò sulla panchina del Parma il tecnico Carlo Ancelotti, che giocava con il modulo 4-4-2. Ancelotti posizionò Zola sulla fascia sinistra di centrocampo, lasciando l'attacco a Crespo e Chiesa. Stufo del ruolo sceltogli da Ancelotti, Zola decise di concludere la sua esperienza al Parma, con il quale aveva disputato 149 gare e realizzato 64 gol.