Die Serie erzählt die Geschichte eines Helden wider Willen, der sich gemeinsam mit seinen Mitstreitern einem apokalyptischen Endkampf stellt, um die Menschheit vor dem Untergang zu bewahren.

Wir schreiben das Jahr 2015: Neo Tokyo-3 wird von den feindlich gesinnten „Engeln“ attackiert. Sie verfügen über Spezialkräfte und gelten als nahezu unbesiegbar. Die ultimativen humanoiden Mehrzweckkampfmaschinen, genannt Evangelion, sind die letzte Hoffnung für das Fortbestehen der menschlichen Rasse. Gesteuert von jugendlichen Piloten, können nur sie das Kraftfeld der Angreifer im Nahkampf durchdringen. Einer von ihnen ist Shinji Ikari, der sich als Evangelion-Pilot im apokalyptischen Endkampf gegen die Engel beweisen muss, um die Menschheit vor dem Untergang zu bewahren. Doch das Schicksal lastet schwer auf den Piloten, und welches Ziel verfolgen die Engel wirklich? Gibt es Hoffnung für das Fortbestehen der Zivilisation?