Die Bayerischen Alpen sind ein Abschnitt der Nördlichen Ostalpen in der internationalen vereinheitlichten orographischen Einteilung der Alpen (SOIUSA) nach Sergio Marazzi. Derselbe Name wird in der Partizione delle Alpi für eine Gebirgsgruppe der Zentralalpen verwendet, deckt dort aber einen größeren Bereich ab. In der von den deutschsprachigen Alpenvereinen entwickelten Gebirgseinteilung der Ostalpenwird der Begriff „Bayerische Alpen“ nicht verwendet. Die naturräumliche Großregion der Schwäbisch-Bayerischen Voralpen fällt demgegenüber weitgehend mit den Bayerischen Alpen zusammen, enthält jedoch einige Landschaftsteile nicht (s. u.).
Im weiteren Sinn steht „Bayerische Alpen“ auch für den auf bayerischem bzw. deutschem Staatsgebiet gelegenen Alpenteil. Bayern ist das einzige deutsche Bundesland, das Anteil an den Alpen hat. Meist werden unter den Bayerischen Alpen jedoch nur die zwischen den Flüssen Lech und Saalach in Deutschland gelegenen Gebirgsteile verstanden. Mit dieser Auslegung zählen daher die Allgäuer Alpen, auf die sich das bayerische Staatsgebiet erst seit jüngerer Zeit erstreckt, und die Berchtesgadener Alpen nicht zu den Bayerischen Alpen.
Abzugrenzen sind die Bayerischen Alpen von den Bayerischen Voralpen. Letztere umfassen nur den bayerischen Anteil der Voralpenzwischen der Loisach im Westen und dem Inn im Osten.