Le rôle portuaire de Bayonne s'inscrit très tôt dans l'histoire de la ville. Il  se développe à la confluence de l'Adour et de la Nive.

Au Moyen Âge, Bayonne devient un port maritime et fluvial et connaît son âge d'or au temps de la suzeraineté anglaise. La réputation du port de Bayonne repose en grande partie sur celle des chantiers navals construisant des navires de haute mer (nefs, galées, pinasses…).

Les relations commerciales sont prospères avec la Navarre, la Flandre, et surtout avec l’Angleterre.

Pour favoriser cette activité essentielle pour la ville, les Bayonnais n'ont de cesse de lutter pour maîtriser le fleuve et son embouchure sur l'océan Atlantique ; de nombreux ensablements rendent l'accès au port difficile.

Durant le Moyen Âge, l’Adour se jette dans la mer à Capbreton, véritable avant-port à une quinzaine de kilomètres de Bayonne.

Au XVe siècle, des phénomènes naturels provoquent le déplacement de l'embouchure plus au nord entraînant la décadence des activités maritimes.

En 1578, un estuaire artificiel est créé grâce à un chantier colossal mené par l’ingénieur Louis de Foix.

Au 17ème siècle, la ville de Bayonne est reconnue comme "un port fameux et de grand trafic".

En aval, rive droite, Colbert crée en 1666 l'Arsenal du Roi qui fournit les bateaux notamment lors de guerres maritimes. La guerre de course, menée par les Corsaires du Roi, relance la construction navale sous l'Ancien Régime.

Au XVIIIe siècle, afin de redynamiser l'activité portuaire qui a tendance à stagner, une franchise est accordée en 1784 : les marchandises étrangères sont exemptées de toute espèce de police, de formalités et de droits.

Au 18e siècle, le port de Bayonne apparaît essentiellement comme un port de cabotage à destination de l'Espagne ou du royaume. Le problème majeur pour son trafic est non réglé : à l'embouchure de l'Adour, le franchissement de la barre (bancs de sables mouvants) reste un véritable handicap pour les bateaux de haute mer.