Ce Dictionnaire se veut, en première intention, la correction des erreurs des auteurs des dictionnaires précédents (en particulier Louis Moréri). Mais Bayle précise son projet dans la préface :

"Or voici de quelle manière j'ai changé mon plan, pour tâcher d'attraper mieux le goût du public. J'ai divisé ma composition en deux parties : l'une est purement historique, un narré succinct des faits, l'autre est un grand commentaire, un mélange de preuves et de discussions où je fais entrer la censure de plusieurs fautes, et quelquefois même une tirade de réflexions philosophiques ; en un mot assez de variété pour pouvoir croire que par un endroit ou par un autre chaque espèce de lecteur trouvera ce qui l'accommode."

Véritable labyrinthe, ce dictionnaire est composé d’articles emboîtés les uns dans les autres, de nombreuses notes et citations. D’une certaine façon Bayle dans ce dictionnaire pratique l’hypertexte. À travers une pensée en apparence errante, le principal enseignement de Bayle est que le monde ne se réduit jamais à une vision manichéenne et suppose le croisement permanent des points de vue et des opinions contradictoires.

Le travail historiographique de Pierre Bayle prend la forme d'une mise en page complexe, où se déploie l'érudition et le travail de critique de Bayle. Le texte principal est souvent composé d'une ou deux lignes en haut de la page, prenant toute la largeur de la page. En dessous de ce texte principal, en deux colonnes, se trouvent ce que Bayle appelle des "Remarques", qui sont en réalité le cœur même du Dictionnaire, là où il y a le plus à lire. A gauche et à droite de chaque page se trouve deux petites colonnes marginales où se trouvent toutes les références bibliographiques de Bayle. 

Chaque page a donc quatre espaces graphiques différents : 

1) Le texte principal, 

2) Les remarques, 

3) En marge et en haut, les notes du texte principal, 

4) En marge et en bas, les notes des Remarques. Ce système tabulaire, lointain héritage des mises en page des Bibles glosées, fait partie intégrante du projet critique de Pierre Bayle