Le 6. La flottille de hors-bord a été fondée le 1er janvier. Elle fut créée en mars 1941 et, au début de la campagne de Russie, fut déplacée à Elseneur avec quatre bateaux et le navire d'escorte "Tanga" pour sécuriser le Grand Belt avec les anciens navires de la ligne "Schlesien" et "Schleswig-Holstein". ". La flottille a été déployée en mer du Nord et dans la Manche. 

Le 15 En février 1942, il reçut l'ordre de se rendre en Norvège avec huit bateaux et le navire d'escorte Tsingtau et atteignit le port opérationnel de Svolvaer dans les Lofoten fin avril. En juillet 1942, le 6 et le 8 Flottille de hors-bord  en Norvège les navires d'escorte, le 8. La flottille de hors-bord est revenue à Kiel avec le « Tsingtau » et a été dissoute, les bateaux « S 42 » et « S 45 » ont été ajoutés à la 4e. flottille de hors-bord, « S 46 » pour le 2ème. Flottille de hors-bord et « S 44 » au 6e. Flottille de hors-bord. 

Le S46 est resté en Norvège comme navire d'escorte du Lüderitz. Les photos proviennent d'un membre de l'équipage du S46 près de Kirkenes en Norvège.

Le bateau a décollé le 22/23. En juin 1941, il participa à une opération minière au large de Takhona, suivie d'une opération minière au large du cap Ristna en juillet de la même année et en août 1941 à l'opération minière contre l'entrée sud de Moon Sound.