Wagener studierte bis 1785 Theologie an der Universität Halle und war bis 1790 als Hauslehrer tätig. 1799 unterrichtete er an der Arbeitsschule der Garnison 94 arbeitende Kinder. Zu diesen Zeiten war es üblich, Kinder von Soldaten zur Arbeit einzusetzen. Er war Feldprediger des Leibcarabiner-Regiments und Leiter der Industrieschule der Garnison in Rathenow.
Samuel Christoph Wagener war ab 1801 Pfarrer und von 1817 bis zu seiner Emeritierung im Jahre 1825 Superintendent in Altenplathe.
Zusammen mit dem Pfarrer Johann Heinrich August Duncker gründete er 1801 mit dem Erhalt des königlich-preußischen Privilegs zum Führen eines Betriebes die Königlich privilegierte optische Industrie-Anstalt, die späteren Rathenower Optische Werke (ROW), in der Linsensysteme zusammengesetzt und erste Mikroskope und Ferngläser hergestellt wurden.
Er war Ritter des Roten Adlerordens III. Klasse.[1]