Dans l'avertissement du premier numéro, il était précisé qu'il s'agissait de rendre compte des principaux ouvrages paraissant en Europe, de publier des notices nécrologiques sur les hommes célèbres, de faire connaître les nouvelles découvertes dans les arts et les sciences, y compris la physique et la chimie, les inventions mécaniques et mathématiques, les observations célestes et météorologiques et les découvertes anatomiques, d'examiner les décisions juridiques des tribunaux laïcs, ecclésiastiques et universitaires, et enfin de rapporter tout ce qui était susceptible d'intéresser les gens de lettres ou les « sçavans », autrement dit toutes les personnes cultivées.
Parmi les dix articles publiés dans ce même numéro, on pouvait lire un rapport sur la naissance d'un monstre à Oxford, une note sur les nouveaux télescopes de Giuseppe Campani5, un commentaire sur la nouvelle édition du traité de Descartes, De l'homme, et un compte rendu des dernières parutions sur l'histoire de l'Église d'Afrique.
Si son contenu relevait pour une large part de la gazette littéraire plutôt que du journal scientifique, le Journal des sçavans n'en joua pas moins un rôle considérable dans la diffusion des connaissances scientifiques en permettant la communication entre savants. Le nombre d'articles consacrés aux sciences, souvent illustrés de gravures sur bois, s'accrut au fil des années. Aussi les lecteurs du Journal furent-ils les premiers à être informés de la parution du Micrographie de Robert Hooke, de la mise au point du premier navire à double coque par William Petty, de l'invention de la balance arithmétique par Cassini, de l'utilisation que fit Robert Holmes des horloges de Huygens à bord de la Reserve, ou encore des expériences menées par Ole Roemer pour déterminer la vitesse de la lumière (journal du 7 décembre 1676)6.
La parution du premier numéro du Journal des sçavans suscita immédiatement l'intérêt des membres de la Royal Society de Londres. À peine trois mois plus tard, le , un journal similaire, mais consacré plus spécialement aux nouvelles observations et expérimentations scientifiques, fut lancé par Henry Oldenburg sous le titre Philosophical Transactions. Ce périodique, dont la publication n'a jamais été interrompue, servit de modèle à tous les journaux scientifiques ultérieurs en Europe. Il fut bientôt suivi en Italie par le Giornale de' Letterati en 1668, puis en Allemagne par les Acta eruditorum Lipsiensium d'Otto Mencke en 1682.