Bis zu einem gewissen Grad nach dem Vorbild von Christ Church in Oxford mit Dekan und Kapitel als Gouverneure und Pionierarbeit für das externe Prüfungssystem zur Aufrechterhaltung der Oxford-Standards für ihre Abschlüsse blühte die Universität zunächst auf und bot unter Henry Jenkyns eine bessere theologische Ausbildung als anderswo. Der Unterricht wurde 1837 um Bauingenieurwesen erweitert und die medizinische Fakultät in Newcastle wurde 1852 angegliedert. Auf ihrem Höhepunkt hatte die Universität ein College und zwei Wohnheime in Durham und ein weiteres in Newcastle. Ihr anglikanisches Ethos stellte jedoch sicher, dass 90 Prozent der Durham-Studenten Geistliche wurden, schreckte jedoch Mitglieder anderer Konfessionen ab. Als die von der Eisenbahn umgangene Stadt Durham von Kohlegruben und Koksöfen umringt wurde, trat die Universität in eine Zeit des Niedergangs ein. Thorp, der Kritik an seiner geliebten Universität nicht ertragen konnte, sah die Notwendigkeit einer Reform nicht ein und war trotz fortschreitendem Alter und schlechter Gesundheit nicht bereit, Verantwortung an Kollegen zu delegieren. Die Folge war eine 1862 eingesetzte gesetzliche Untersuchungskommission, die schwerwiegende Mängel in der Verwaltung feststellte. Thorp war zu krank, um auszusagen, und bot schließlich an, in Rente zu gehen, und war gerade dabei, sein Wächteramt niederzulegen, als er am 10. Oktober 1862 im Pfarrhaus Ryton starb. Er wurde am 15. in der Familiengruft in der Ryton-Kirche beigesetzt. Seine Frau starb 1879.