Im Juni 1964 wurde die 416. TFS umgezogen nach England AFB, Louisiana, wo es sich dem anschloss 3D-taktischer Jagdflügel (Tactical Air Command) für die Ausbildung. Vom 17. Oktober bis 7. Dezember 1964 führte das Geschwader einen Flug nach Takhli Royal Thai Air Force Base, Thailand, wo es unter verschiedenen höheren Hauptsitzen tätig war. Dieser Einsatz war jedoch nur der Vorläufer eines noch größeren Engagements in Südostasien (SEA), da das gesamte Geschwader im März 1965 dort stationiert war. Es operierte wiederum aus Clark AB, Philippinen, Da Nang AB, Südvietnam, Bien Hoa AB, Südvietnam und erneut bei Clark, bis es im Juli 1965 zur englischen AFB zurückkehrte. Während ihrer Zeit in SEA flog die Einheit zwischen dem 19. März und dem 14. Juli 1.711 Kampfeinsätze zur Flakunterdrückung, Wetteraufklärung, MiG-Kampfluftpatrouille und Luftangriffsmissionen.

Die 416. wurde im November 1965 mit der 3 TFW zur SEA eingesetzt Tan Son Nhut AB, Südvietnam. Dort kontrollierte die 6250th Combat Support Group die Operationen des Geschwaders bis Juni 1966, als es sich wieder der 3 TFW bei Bien Hoa AB anschloss. Die 416. blieb in Bien Hoa, bis sie im April 1967 der 37. TFW zugewiesen wurde. Im Mai zog das Geschwader um Luftwaffenstützpunkt Phù Cát ohne Unterbrechung der Kampfeinsätze.