Trascinato dall’amico Toji, Shinji Ikari si trova costretto a rivolgersi all’Agenzia Investigativa Kaji, e senza rendersene conto finisce per indagare su un caso misterioso insieme a un ragazzo di nome Kaworu Nagisa. Scoprendo così l’esistenza degli EVA… Tornano i protagonisti di Evangelion, questa volta coinvolti in una storia che farà impallidire Sherlock Holmes!