Prospero Alpini ou Prosper Alpinus ou Prosper Alpini ou Alpino, né le 23 novembre 1553 à Venise et mort le 6 février 1617 à Padoue, est un médecin et un botaniste italien.
Après avoir servi dans l'armée milanaise, il commence des études de médecine à Padoue en 1574 et obtient son titre de docteur en 1578. Il exerce à Campo San Pietro, une petite ville de la province de Padoue, mais son goût pour la botanique, notamment des plantes exotiques, le conduit à partir en Égypte en 1580 pour devenir le médecin personnel de l'ambassadeur vénétien au Caire, George Emo ou Hemi.
Il passe trois années en Égypte. De l'observation de la culture des palmiers-dattiers, il déduit que les végétaux comprennent deux sexes (base de la future taxinomie linnéenne). Il dit que les palmiers-dattiers femelles ne portent pas de fruits si leurs branches ne sont pas au contact avec celles des mâles ; ou, d'une façon plus générale, si les fleurs femelles ne sont pas soupoudrées de pollen des fleurs mâles ou mises en contact avec elles.
De retour en Italie, il demeure à Gênes et est le médecin d'Andrea Doria. En 1593, il occupe le poste de professeur de botanique à Padoue où il meurt vingt-quatre ans plus tard.
Son fils, Alpino Alpini (mort en 1637), lui succède à la chaire de botanique de Padoue.
L'ouvrage le plus connu d'Alpini est De Plantis Ægypti liber (Venise, 1592). Dans De Medicina Egyptiorum (Venise, 1591), il décrit pour la première fois en Europe le caféier.